애기장대 genomic DNA를 EcoRI 제한효소로 절단해서 전기영동했을 때 하얗게 smearing 된 DNA 바탕 위에 굵은 band가 여기저기 나타나는데 이게 무엇이냐 하는 문제의 답입니다.

Genome 내에 상당히 많은 repeated sequences가 여러 염색체 부위에 여기저기 산재해 있기 때문입니다. Repeated sequences의 단위 길이는 수백 bp에서 수 킬로 bp에 이르기까지 다양하며, 반복횟수 또한 수백 copy에서 수천 copy 까지 다양합니다. 이들이 제한효소로 절단되었을 때 동일한 크기의 DNA 조각을 만들어내게 되고 전기영동을 하면 같은 크기이니까 같은 자리에 위치하게 되지요. 따라서 이 부위에 band를 형성하게 됩니다.

Repeated sequences가 genome내에 나타나는 이유는 gene duplication과 transposon에 의한 transposition이 오랜 진화과정에서 무수히 일어나기 때문입니다. 물론 transposition이 gene duplication 이 일어나는 주요한 원인이기도 하구요. 이런 현상은 애기장대 뿐만 아니라 다른 모든 생물체의 genome에 나타나는 일반적인 특성입니다. 즉 사람의 genomic DNA를 잘라 봐도 동일한 현상이 나타난다는 겁니다. 모든 생물체의 genome에는 repeated sequence가 들어 있습니다.